由财政部、国家税务总局和环保部三部委拟定的环境税方案已成型。然而，该方案在诸多操作内容上还存在争议。尤其还未获得其他部委的认同。

据报道，环境税被定位为“独立的环境税”，即新增税种。而锁定的范围是，包括SO2、废水和固体废物在内的三种污染物和二氧化碳。

同时，方案也给出了一个建议税率：SO2和固体废弃物的税率为2元/公斤，废水(污水)的税率为1元／吨，CO2的税率为10元/吨。在税款的归属明确提出归属地方收入。起草者在方案中指出，税率确定的依据主要是污染物的治理成本，比如SO2的实际平均治理成本为1.95元/公斤，废水的治理成本为1元/公斤左右。

报道称，环保部有关专家表示，上述税率方案是研究者提出的高、中、低三个方案中的低方案。据此测算，一年排污税收入大约600亿元(目前我国排污收费年征收总额不足200亿元)，碳税收入大约为400亿元。也就是说，即便是最保守的估计，开征环境税每年可达1000亿元。

在整体设计上，该环境税方案采取了变费为税的思路，主要是将之前由环保部门收取的排污费变为由税务部门征收的排污税。

但由于环境税体系复杂，牵涉的国家部委众多，仅仅是污染物排放税和碳税这两个税种，涉及到的部委就至少有6个，即除了财政部、国税局和环保部，还有国家发改委、水利部和住建部。因此该方案在政策细节仍未形成共识。